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OUTPUT · 16:9 · PNGUn cladogramme représente une hypothèse de parenté phylogénétique fondée sur le partage de caractères dérivés, appelés synapomorphies. Les extrémités des branches correspondent aux taxons étudiés, tandis que chaque nœud interne figure leur dernier ancêtre commun hypothétique. Le groupe externe, choisi en dehors du groupe d’intérêt, sert à enraciner l’arbre et à déterminer l’état ancestral ou dérivé des caractères. Des innovations telles que l’œuf amniotique ou les poils sont placées sur la branche où elles seraient apparues. La disposition en escalier facilite la lecture, mais ne traduit ni une hiérarchie de perfection ni nécessairement l’ancienneté des espèces.
La construction commence par une matrice taxons-caractères distinguant les états ancestraux et dérivés. Après comparaison avec le groupe externe, les taxons sont regroupés selon leurs synapomorphies : l’œuf amniotique définit par exemple le clade des Amniotes, tandis que les poils caractérisent les Mammifères. Chaque caractère est inscrit avant le nœud du clade qui le partage, sauf perte secondaire ou convergence. L’endothermie exige une attention particulière, car elle peut avoir évolué indépendamment chez les Oiseaux et les Mammifères. Deux branches issues d’un même nœud sont des groupes frères. La rotation des branches autour d’un nœud ne change pas les relations de parenté représentées.
Le cladogramme convient à une séance d’analyse de documents après l’étude des caractères homologues et de la matrice taxons-caractères. L’enseignant peut demander : « Quel est le groupe frère de ce taxon ? », « Quel nœud correspond à leur dernier ancêtre commun ? » ou « Où placer l’œuf amniotique et les poils ? ». Une rotation de branches permet de vérifier que les étudiants raisonnent sur la topologie plutôt que sur l’ordre visuel. L’exercice prépare aux évaluations portant sur les synapomorphies, les clades monophylétiques, la polarisation par le groupe externe et la distinction entre homologie et homoplasie.
Le groupe externe permet d’enraciner l’arbre et de polariser les caractères. Un état présent dans ce groupe est généralement interprété comme ancestral, sous réserve de l’échantillonnage et du modèle évolutif.
Un nœud représente le dernier ancêtre commun hypothétique des lignées qui en dérivent. Il ne correspond à une espèce fossile précise que si des données indépendantes permettent explicitement cette identification.
Non, un cladogramme simple représente principalement l’ordre des divergences. La longueur des branches n’a une valeur temporelle ou évolutive que si l’arbre est explicitement calibré et accompagné d’une échelle.