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OUTPUT · 16:9 · PNGこの系統発生樹は、脊椎動物が共通祖先から分岐し、魚類、両生類、爬虫類、鳥類、哺乳類へ至った系統関係を模式的に示す。根は最も古い共通祖先、枝の分岐点は系統が分かれた祖先集団、末端は比較対象となる分類群を表す。ただし、実際の系統関係は単純な直線的進化ではなく、分岐を重ねる樹状構造である。
樹の下部から上部、または左から右へ進むにつれて、一般に古い祖先から新しい系統へ移る。分岐点から二つの枝が伸びるとき、そこから先の分類群は共通祖先を共有する。時間軸が示されている場合は、分岐の位置を地質時代と対応させられるが、枝の長さが時間を表すとは限らず、形質変化量を示す系統樹もある。
導入では、学生に根から末端までの読み方を確認させ、「どの二群が最も近縁か」「共通祖先はどのノードか」と問いかける。次に、枝の回転で見た目が変わってもトポロジーは変わらないこと、枝長の意味は凡例で決まることを比較させる。考査では、姉妹群、単系統群、共有派生形質、分岐順序の判定と、魚類・鳥類を含む分類上の注意点を問うとよい。
分岐点は、そこから分かれた系統が共有する仮想的な共通祖先を表します。化石として直接確認された個体ではなく、形態形質やDNA配列などから推定された祖先系統です。
必ずしもそうではありません。重要なのは末端の位置ではなく、どの分岐点を共有するかという樹のトポロジーです。枝を回転して配置を変えても、分岐関係が同じなら系統関係は変わりません。
系統樹の種類によって異なります。時間尺度をもつ時間較正系統樹では分岐時期を表しますが、クラドグラムでは枝長に意味がなく、系統距離を示す系統樹では遺伝的変化量を表します。